对于Arduino，只能将你需要执行的程序，分成几个函数，然后通过串口去让程序执行不同函数，
如串口发1，那就执行1号函数；串口发2，执行2号程序，依次类推。
对于其他的，如STM32可以使用IAP的方式，实现程序跳转。详情你可以去了解一下bootloader。
其实使用串口命令来执行特殊的操作与按键控制的本质上没有太大的区别，按键就是检测某一个引脚的电平，而串口就是接受到串口的数据之后通过不同的数据判断来执行不同的命令，比如：你串口发送了一个0x10，表示打开LED，传输一个0x20表示关闭LED，你需要判断串口传输过来的数据到底是0x10还是0x20就行了，然后调用打开和关闭LED的程序，与按键的操作时一样的
