如果是X86_64架构的网页服务器和数据库服务器，操作系统方面用centos、ubuntu、opensuse等linux系统都可以。甚至windows server也可以。windows server集成了很多现成的工具，同时也能装MySQL或MariaDB。linux的开源系统和软件可以免费得到，windows server不免费，所以实际应用时，还是linux比较实惠。但也有例外的时候，比如很多财务系统的数据库用的是微软SQL Server，用windows server系统更合适一些。
服务器处理数据可以用PHP，也可以用C，甚至Python。总得来说，PHP读取数据库并动态显示到网页是最方便的，但是C语言读写数据库可以更加灵活，所以实际应用中往往需要把C和PHP一起使用，取长补短。特别是需要较多并行计算时，PHP的性能较低，Python与C可以通过并行计算发挥服务器的性能。具体应用可以参考这个例子【大赛作品】智能的猫咪监视与警告设备-电子芯吧客（www.icxbk.com）
这要看你熟悉那种系统，开发那种功能。
现在普遍把Linux作为服务器操作系统，针对不同应用还有不同语言应用系统开发框架。
熟悉了开发难度其实基本相当。
