我觉得楼主的意思是分为两种：
开发和操作服务器（包括界面）和运行服务器
一般来说桌面版适合开发、管理配置，而服务器版适合跑服务器
但具体的linux版本不同，也不是真的说服务器板就一定比桌面版更加节省资源或稳定，关键是看应用需求，各种硬件的驱动是否稳定，资源是否匹配等等
桌面版是面向个人桌面应用的，集成有很多单机桌面应用程序，比如浏览器、图形化文档编辑工具等等。
服务器版就没有这些（很可能连图形界面都没有的，可以把更多资源用于对外服务），所以建站来说肯定是服务器版更合适。
Linux的桌面版是提供图形化UI工作界面，适合个人桌面应用，可以运行图形化应用程序。
Linux服务器版只提供字符版 shell命令行交互界面，不适合新手操作，另外服务器版会强化网络应用服务，更适合用来建网站。
