楼主说的运行的程序是电脑上的程序还是单片机里的程序。
如果是电脑里的程序可能是程序占用了那个串口。要是实在想在运行这个程序时又可以接收单片机的信息可以通过单片机的另一组串口来发送信息,电脑上接另一个串口模块连这组串口就好。
如果是单片机的程序运行串口就不行,可以查查是不是程序里用了串口用的定时器。